在（反滲透+混床）工藝中，雖然反滲透設備除去了進水中的極大部分離子，但混床的離子交換樹脂失效后，仍需酸堿處理，以復蘇樹脂的離子交換性能，因而在制取純化水的過程中，仍有廢酸堿再生液排放，污染環境。在環保要求日趨嚴格的條件下，雖然其設備投資成本較低，產水電導率也較低，但其應用仍受到環保要求的限制。

在（反滲透+電除鹽）工藝中，由于電除鹽裝置對進水水質（如硬度、TOC等指標）要求極為嚴格，一般一級反滲透產水經常不能達到電除鹽裝置的進水要求，因而在大多數情況下，需采用二級反滲透產水作為電除鹽裝置的進水。同時，由于電除鹽設備單元價格較高，這樣就使其純化水制取設備投資成本大幅升高。雖然其出水電導率低、純化水制備過程無酸堿處理，但由于其單位制水成本極高，故導致其應用受到投資成本的限制。

而二級反滲透制水工藝，雖然其產水電導率相對較高，但在一般情況下，其產水電導率能達到純化水的要求，因而它以工藝設備投資成本適中，操作維護簡單。二級反滲透工藝由于具有高脫鹽率、自動化程度高、環保等優點，對大部分水源來說，其產水水質能達到醫藥純化水的要求，因而二級反滲透技術在制取醫藥純化水中的應用必然越來越廣。

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